Az első és leglényegesebb kitétel, hogy a munkaszerződés közös megegyezéssel módosítható. Tehát nem egy egyoldalú nyilatkozat munkáltató vagy munkavállaló részéről. Kizárólag akkor lép hatályba, ha azt a felek, mint akaratukkal egyezőt, külön-külön aláírják. Legyünk résen, ha a munkaszerződés módosítása kerül szóba, ugyanis miután a szignónk megjelenik a megállapodáson, később rendkívül nehéz bizonyítani a tévedést, megtévesztést, esetleg kényszert, fenyegetést.
Ugyanis a módosítás semmilyen körülmények között sem következhet be a munkavállaló megtévesztésével és nem valósíthat meg rendeltetésellenes joggyakorlást. Ennek kapcsán született egy olyan tartalmú bírósági határozat, mely kimondja, hogy ha a munkáltató a munkavállaló határozatlan idejű munkaviszonyát azzal a célzattal módosítja határozott idejűvé, hogy ezáltal mentesüljön az általa egyébként már elhatározott felmondással kapcsolatos anyagi kötelezettségei alól, a munkaszerződésnek ez a módosítása semmis. Ha ez nem így volna, a munkáltatók könnyedén mentesíthetnék magukat például a végkielégítés fizetésének kötelezettsége alól.
A munkaszerződés módosítása tehát csak akkor állapítható meg, ha kétséget kizáróan bizonyított a felek (munkáltató és munkavállaló) egyező akaratnyilvánítása az adott feltételre vonatkozóan. Amennyiben pedig az akaratnyilvánítás hibában szenved, mert például a munkavállaló az aláíráskor súlyos tévedésben volt, mely tévedést a munkáltató okozta, úgy a megállapodás megtámadhatóvá válik. Ám feltétlenül játsszuk le a fejünkben azt a folyamatot, hogy tévedésünket, vagy megtévesztésünket miképpen bizonyítjuk minden kétséget kizáróan, ha az aláírt irat másról tanúskodik. Minden bizonnyal látjuk, ez szinte lehetetlen. Ezért kell résen lennünk, a bajt elkerülendő.
Végül pedig tegyünk különbséget két hasonló fogalom között. Az egyik a munkaszerződés módosítása, a másik pedig a munkaszerződéstől eltérő foglalkoztatás. Ugyanis ez utóbbi nem tekinthető a munkaszerződés módosításának. Csupán azt jelenti, hogy a munkáltató egyoldalúan, átmenetileg a munkaszerződéstől eltérően foglalkoztatja munkavállalóit. Például olyan feladat ellátásával bízza meg, mely nem szerepel a munkaköri leírásába. Erre a Munka Törvénykönyvében foglalt kereteken belül -naptári évenként összesen legfeljebb negyvennégy beosztás szerinti munkanapon vagy maximum háromszázötvenkét óra erejéig- minden további nélkül van lehetősége a munkáltatónak. A legfőbb különbség tehát abban áll, hogy míg a munkaszerződés módosítása -eltérő megállapodás hiányában- végérvényű, addig a munkaszerződéstől eltérő foglalkoztatás átmeneti.